Sin n'est plus tout comme Vagnagun... La félicité éternelle ennuie certains d'autres s'en réjouissent. Mais que faire à Spira lorsqu'il n'y a plus rien à défendre, plus rien à combattre et plus aucunes sphères intéressantes à trouver ? Voici plus de trois ans que Yuna accompagné de Rikku et Paine ont a nouveau protéger Spira de la menace de Vagnagun, voilà plus de trois ans que Tidus partage sa vie avec sa bien aimée... Félicité éternelle ? Pas pour très longtemps... Même si d'apparence Spira semble être enfin en paix quelque chose d'étrange vient bousculer la vie paisible de nos héros...

Le jour de la fête organisé à l'occasion des 22 ans de Yuna le gang Leblanc perturbe intentionnellement la fiesta pour annoncer que plusieurs sphères ont été détecter... Pire ces sphères seraient plus mystérieuse que les autres. Leblanc fait part à Yuna de sa mystérieuse découverte, sur la sphère on y voit très distinctement Auron discutant avec Seymour pourtant tous les deux disparus depuis longtemps. Rikku est persuadée que tout a un lien et décider de repartir à la chasse aux sphères avec les albatros. Seulement ils sont loin de s'imaginer qu'il n'y a pas que ces sphères-là... Les vingt sphères noires permettant de ressusciter Sin une fois réunies intéresse beaucoup New-Yevon... Pour couronner le tout Baralai disparait à nouveau ce qui suscite bien des disputes au sein de Yevon et la ligue des jeunes.